Den första avdelningen är en lång novell – ett smått raljant återberättande av den helige ökeneremiten Antonius' levnadsskildring. Den andra delen består av impressionistiska och lyriska noveller, prosaskisser och korta betraktelser. Den tredje skildrar en modern Antonius och hans förespråkare/berättare – en person återvänder till den skolpension, där han bodde som barn, för att finna att allt är svårt förfallet.
Denna tredelade bok rör sig brett mellan det tragiska och det humoristiska, från det patetiska till det groteska. Berättaren upplever smärtan inför tillvarons elände och människornas samhälleliga fördärv, hjälten vänder sig bort och går in i sitt eget hjärtas ödsliga grotta för att förkasta världens strävanden och anordningar. Lars Gyllensten behandlar i Grottan i öknen (1973) vitala livsåskådningsfrågor och förmedlar nästintill visionära äkthetsupplevelser.